Initiation à l’analyse de données single-cell RNA-seq avec Seurat

Mots-clés : single-cell RNA-seq, clustering, marker genes, integration, Seurat

Préambule

Informations essentielles

  • Durée de la formation : 1,5 jours
  • Dates : 16 et 17 juin 2025
  • Lieu : INSA Toulouse Département Génie Mathématiques et Modélisation 135 avenue de Rangueil 31077 TOULOUSE

Description

La formation a pour but de vous familiariser avec les grandes étapes d’analyse de données single-cell RNA-seq et de les mettre en application à l’aide du package Seurat. Rem: cette formation est aussi une bonne base pour l’étude des données de Spatial Transcriptomics.

Objectifs

À la fin de la formation, vous serez capable de mener une analyse de données single-cell RNA-seq avec Seurat.

Notions abordées

À mettre à jour une fois le contenu terminé

  • Construction de l’objet Seurat
  • Les grandes étapes du pipeline d’analyse de données single-cell RNA-seq
  • Leur mise en application avec Seurat

Pré-requis

  • Avoir des bases de programmation avec R.

Liens vers les documents

  • Le document du cours est ici
  • Les exercices sont divisés en trois parties :

Installation des librairies avant le début de la formation

Dependencies

To install the dependencies by running the PackagesInstallation.R script.

Rendering the Project

To render the project using Quarto, follow these steps:

  1. Install Quarto: Follow the instructions on the Quarto website to install Quarto on your system.

    Quarto should be already installed in rstudio.

  2. Render the project:

    quarto render

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